戦争の歴史
　かつて、機械ｖｓ人間の戦争があり、最終的に機械側が戦争に勝利し、全ての人間を支配下に置いた。その後、全ての人類は「サイバー人間」として培養され、機械のための電池として生きることになった。脳内の電流をエネルギー源として使うのだ。戦争の後、電源として使われなかった人間は全て殺された。
※アニマトリックス「セカンドルネッサンス１・２」を見ると、非常によくわかります。

そもそもマトリックスとは…
　人間から効率よく電気を得るためには、精神を健全に保つことで発電を促す必要があった。機械は、全てのサイバー人間に共通の夢を見させ、あたかも現実世界で生きている様な感覚を与えることで精神を健全に保つ方法を考え出した。その仮想現実こそが「マトリックス」である。

人間の実体はどこにある？
　サイバー人間の実体は現実の世界でカプセルの中に入れられ、培養液の中で一生を過ごす。人間は計画的に交配されて誕生し、死後は溶解され、生きている人間の養分となる。カプセルの中のサイバー人間は脳からプラグを繋げられ、精神だけはマトリックスの中にある。

マトリックスの歴史
　マトリックスを作ったのは、アーキテクト（設計者）というプログラム。最初のマトリックスは、完璧な理想郷の世界として作り上げられた。人々はこの苦痛も不安もない完璧な世界で幸せに暮らし、効率よく発電も進むハズだった。アーキテクトとしても初代マトリックスこそが最高傑作であったと考えている。
　しかし、その初代マトリックスは失敗に終わり、崩壊してしまった。人間自身が元来持っている「不完全さ」が、理想郷の世界観に合致せず、人々の精神はその世界を受け入れることが出来なかったのだ。
　そこで、アーキテクトは人間の不合理さ、不完全さを世界に取り入れるべく、人間の歴史を学び直し、マトリックスの世界に同じようなグロテスクさや、無秩序な側面を反映させることにした。
　これが第２次マトリックスである。
　ここまではマトリックス１作目でスミスが解説している通り。
　しかし、実はその話には続きがあるのだ。不完全性を加えて設計し直した第二次マトリックスでさえも、人々の心にはなかなか受け入れられず、第二次マトリックスもやがて崩壊を迎えたのだ。

オラクル（預言者）
　アーキテクトはこの事態を解決できず悩んだが、全く別の目的で使われていたプログラムが偶然にも解決方を発見した。「“選択”という行動を与えると、99.9%の人間がプログラムを受け入れる」ということを発見したのだ。この解決法の発見により、99.9%の人間がマトリックスを受け入れるようになった。これが第三次マトリックス、「選択式マトリックス」である。
　この解決法を発見したプログラムこそがオラクル（預言者）である。本来は人間の心理を探索するためのプログラムだったのだが、この発見によりマトリックスの寿命を大幅に延ばすことに成功し、「マトリックスの母」と呼ばれている。

アノマリー(変則要素)
　しかし更なる問題が発生した。この「選択」という解決法は、その特性からシステム上に必ず矛盾を発生してしまうのである。つまり規則から外れたもの（アノマリー、変則要素）の発生である。これらは所詮0.01%に過ぎなかったが、そのまま放置すればマトリックスの崩壊を招くことは明らかだった。

ザイオンの誕生
　逆の視点から考えれば、このアノマリーの発生は予測しうる範囲だった。つまり、0.01%の「プログラムを受け入れない人間」は必ず発生するのだから、あらかじめ彼らの受け皿を作り、そこでアノマリーを一括で管理すればよいと考えたのだ。　それが、生身の人間の都市、ザイオンである。
　要するに、ザイオンはマトリックスにより計画的に用意された街であり、0.01%の人間もまた計画的にそこに集められているのだ。

救世主(THE ONE)とは
　システム上のアノマリー、つまり現在のマトリックスの仕様により必然的に生まれたアノマリーは、一定以上蓄積されると特殊な計算式により統合体となる。この統合体こそが救世主と呼ばれる存在で、緻密に計算された選択を自ら選んだ後、オラクル（預言者）の発言により、アーキテクトの待つ白い部屋（モニターがいっぱいある部屋）に導かれる。
　マトリックスはこのアノマリーの統合体である「救世主」を検討し、参考にし、プログラムの元（ソース）を書き替え、それを主プログラムにリロードすることで、アノマリーさえも計算に入れた新しいバージョンへとバージョンアップする。
　マトリックスは過去にも同じようにバージョンアップを重ねてきたのだが、救世主（アノマリーの統合体）の発生回数でカウントするならば、ネオで６人目の救世主という計算になる。要するに、現在のマトリックスはバージョン５なのだ。
（※マトリックスリローデッド＝「リロード済み」、のサブタイトルはここから。）

救世主の役割とは
　救世主の、プログラムとしての役割は、アノマリーそのものをシステムに組み込む為に自分自身をソースに分散した後、マトリックスをリロードすることだ。
　このリロードの時に人間のアノマリーの蓄積であるザイオンも一度リセット（滅ぼす）する必要がある。その為、救世主はマトリックス内からメス16体、オス7体を選び出し、ザイオンを新しく建設するのだ。
　この役割（プロセス）を受け入れなければマトリックスは崩壊を迎え、マトリックスに接続された全ての人間は滅んでしまう。ザイオンも滅びてしまうのだから、そうなれば全人類が絶滅となる。
　救世主は人類に対して愛を抱くように設計されている為、全人類を滅亡させる方を選択することはないはずである。
◆右のドアはソースへと続くドア。リロード作業をすることでマトリックスの崩壊を防げる。
◆左のドアは何もせず元の世界へ戻るドア。
　前任者達は全て右のドアを選び、マトリックスをリロードし、ザイオンを再建する道を選んできた。そうしなければマトリックスがシステムクラッシュし、人類が滅んでしまうからだ。しかし、ネオはトリニティを救うために左のドアを選んでしまったのだった。

人間が滅んだらコンピュータも滅びるのでは？
　人間が滅んだらコンピュータも滅びるのでは？という質問を、ネオがアーキテクトにしていたが、ある程度のレベルまで落ちるだろうが、コンピュータは生存可能だと答えている。